La Congregación de Agustinas Hermanas del Amparo nació en la Inclusa de Palma de Mallorca de la necesidad que sintió el Siervo de Dios Sebastián Gili Vives, canónigo de la Catedral de Mallorca, de dar calor humano y cariño a los niños acogidos en dicha institución de la cual él era director. Así la Congregación inició con sencillez y generosidad su andadura el día 6 de febrero de 1859.

Don Sebastián Gili luchó, trabajó y sufrió para conseguir que las religiosas de la Congregación formaran verdaderas comunidades agustinianas donde todas tuvieran una sola alma y un solo corazón siendo testigo de la admirable labor y generosa dedicación con que sus religiosas trabajaron en varias graves epidemias que azotaron las islas.

El número de religiosas que se sumaron a la Congregación fue en aumento y, una vez cubiertas las necesidades en las instituciones públicas que estaban a su cargo – Inclusa, Hospital, Casa de Misericordia y Manicomio -, se abrieron en vida del P. Fundador 16 casas en Mallorca y 1 en Ibiza.

D. Sebastián Gili Vives estuvo al frente de la Congregación hasta que, por razones de salud y siendo ya muy mayor, presentó la dimisión del cargo al Sr. Obispo de Mallorca. El día 11 de septiembre de 1894 entra a gozar de la presencia del Padre colmando así lo que fue una vida de entrega polarizada por un sincero deseo de servir a Dios dando respuesta a las necesidades existenciales del hombre, en especial de los más pobres. En la actualidad está abierto en Roma el proceso de causa de beatificación.

La Congregación siguió el ánimo trazado por su Fundador, con su Espiritu agustiniano y Carisma fundacional. En 1918 se unificaron todas las constituciones de las congregaciones diocesanas mallorquinas pero en 1989, siguiendo las directrices del Concilio Vaticano II, se vuelve a las fuentes elaborándose las constituciones actualmente vigentes y que fueron aprobadas por la Santa Sede el día 6 de febrero de 1984. Unos años antes, el día 24 de enero de 1978 la Congregación había pasado a ser de Derecho Pontificio.

Desde sus orígenes la Congregación presta sus servicios en dos grandes campos: sanidad y enseñanza estando la Congregación presente en Mallorca (16 casas), Ibiza (2 casas), Palencia, Madrid (2 casas), Ponferrada (León), Lumbrales (Salamanca), Roma, Perú (7 casas), Honduras (3 casas) y Costa Rica.